plata facturi cand ai emis tu facturi de penalitati

Vreau sa ma lamuresc cu o problema.
Exista 2 contracte de prestari lucrari pentru 2 puncte de lucru incheiate de firma X ca si beneficiar cu firma Y ca si prestator , care a emis si facturi partiale, platite partial de X. La final de contract firma y nu a finalizat lucrarile pentru care s-a angajat in cele 2 contracte si firma x emite cite o factura de penalitati pentru valoarea lucrarilor neefectuate din fiecare contract.
Astfel pentru contractul A firma x a platit partial 1000 lei, din val. lucrari efectuate de 2000 lei si penalitati calculate de x lui y 3000 lei . Ar insemna ca de fapt acum y datoreaza lui x 2000 lei .
Pentru contractul B x a platit partial 500 lei din val. lucrarilor facturate de 2000 lei si x calculeaza penalitati lui y in valoare de 1000 lei pentru partea de lucrari neefectuate, deci ar mai ramane ca X sa mai plateasca 500 lei.
Cum trebuie procedat ?
La contractul A X mai plateste si restul de 1000 lei chiar daca a emis factura de 3000 lei penalitati, sau sisteaza plata pina rezolva problema cu Y tinind cont ca are de primit mai mult decit de plata?
La contractul B X mai plateste si restul de 1500 lei chiar daca a emis factura de 1000 lei penalitati, sau sisteaza plata pina rezolva problema cu Y tinind cont ca pe ambele contracte insumate X ar avea de recuperat de la Y din calcului penalitatilor mai mult decat ar avea de platit?
Cum trebuie procedat?