Datorie comunicata dupa 3 ani

Sunt srl.Am un contract de inchiriere cale acces cu primaria. In urma unui control al curtii de conturi la primarie, a rezultat ca aceasta trebuia sa ne factureze,conform contractului, o suma mai mare pentru chirie decat ne-a facturat. Ca urmare, Primaria imi trimite o factura de diferenta la chirie pe perioada incepind cu 3 ani in urma, precum si o factura de penalitati pentru neplata la termen a sumei datorate. Practic, primaria a facturat gresit si vrea sa recupereze de la client suma imputata de curtea de conturi.
Va rog sa ma informati daca este legal acest lucru. Daca nu, sa solicitam in instanta anularea acestor facturi? Trebuie sa consultam si un mediator, ca etapa a procedurii actionarii in instanta?
Precizari suplimentare: Diferenta de facturare rezulta din faptul ca, cf. contractului, daca suma stabilita pentru chirie, indexata cu coeficientul de inflatie, era mai mare decat suma din HCL, atunci trebuia facturata aceasta suma mai mare.
Multumesc mult.